本會依《藥師法》及人民團體相關法令設立，組織依〈組織章程〉運作，架構如下：
會員（代表）大會最高權力機構・每年召開一次
理事會理事 15 人・候補理事 5 人
監事會監事 5 人・候補監事 1 人
理事長 1 人對外代表本會・綜理會務
常務理事 5 人處理日常會務
常務監事 1 人執行日常監察事務
各種委員會／小組依會務需要設置
會務人員分組辦事
顧問由理事會聘請
理事會職權
- 召集會員（代表）大會，並執行其決議案。
- 接納及採行會員之建議。
監事會職權
- 審查理事會處理之會務。
- 稽核本會財務之出入。
理監事任期均為三年，連選連任不得超過二分之一；理事長之連任以一次為限；均為無給職。理監事每三個月個別或聯合舉行會議一次。（詳見組織章程，現任名單請見公會幹部）